La Red Muqui está integrada por las siguientes organizaciones e instituciones:

- Asociación Civil Labor

- Asociación Marianista de Acción Social - Trujillo

- Asociación Pro Derechos Humanos - APRODEH

- Asociación Proyecto Amigo de Huamachuco

- CADEP - Cusco

- CEDAP-Ayacucho

- Centro Pastoral de Diócesis de Chulucanas

- Centro Peruano de Estudios Sociales – CEPES

- Comisión Episcopal de Acción Social (CEAS)

- CooperAcción , Acción Solidaria para el Desarrollo 

- Coordinadora Nacional de Derechos Humanos

- Fe y Derechos Humanos - Puno

- Fundación Ecuménica para el Desarrollo y la Paz (FEDEPAZ)

- Grupo de Formación e Intervención para el Desarrollo Sostenible (GRUFIDES)

- Grupo para la Promoción del Desarrollo de los Andes

- Grupo Propuesta Ciudadana

- Huñuq Mayu-Apurímac

- Instituto del Sur Andino - I.S.A.I.A.S.

- Labor Pasco. Centro de Cultura Popular

- Oficina de Derechos Humanos y Medio Ambiente - Puno

- Pastoral de la Dignidad Humana (Pasdih) - Arzobispado de Huancayo

- Pastoral Social del Vicariato Apostólico San Francisco Javier - Jaén

- Red Uniendo Manos contra la Pobreza

- Red Regional Agua y Desarrollo de Piura

- Renades-Cusco

- Vicaría de la Solidaridad de Sicuani

- Vicaría de la Pastoral Minera de Pasco